Сведения о линьке основаны на описании 300 шкур сурка из Казахстана (Алтай, Саур, Тарбагатай, Джунгарский Алатау, Заилийский и Терскей Алатау и Казахское нагорье), а также 200 живых сурков, рассмотренных в бинокль.
Сурок линяет один раз в году. Линька, включающая смену ороговевшего слоя эпидермиса, начинается недели через три после появления зверьков из нор после спячки и в массе заканчивается недели за четыре до залегания в нее. Она протекает очень сходно с линькой длиннохвостого сурка, описанной в очерке о нем.
Сроки линьки в зависимости от места довольно сильно различаются. В Казахском нагорье (горы Темирши, Кошубай, Вахты) среди 45 сурков, добытых в 1964 г. с конца июня по 10 июля на высоте 1000—1300 м над ур. м., полностью вылинявших не было. Ближе к окончанию линьки состояние мехового покрова было у взрослых самцов. У них верхняя сторона тела (кроме головы, лап, хвоста) очистились от старых волос, но новые еще были недоросшими. Самки же, родившие в данном году, и их детеныши даже на верхней стороне тела имели в это время много старой шерсти, а новая под ней оказалась очень сильно недоросшей. Линька даже у самцов в массе могла окончиться не ‘ранее второй или даже третьей декады июля.
В Тарбагатае в зависимости от высоты над уровнем моря сроки линьки сурков различны. Так, на высоте 800 м из 15 взрослых и полувзрослых зверьков (и одного добытого), наблюдавшихся 1 июня 1966 г. все они были почти вылинявшими: старая светло-рыжая шерсть сохранялась (и то не у всех особей) лишь кое-где на голове, а также на груди, брюхе и хвосте.
На высоте 1400 м среди 20 добытых в первой декаде июня зверьков даже у взрослых и полувзрослых самцов спина была пестрая от старой и новой шерсти, а на других частях тела сплошь был старый-мех. Родившие самки и их детеныши полностью были в старом волосяном покрове, хотя иод ним подрастали новые волосы.
На высоте 1700—1800 м в конце первой — начале второй декады июня из 38 наблюдавшихся зверьков (из них девять добыты) лишь у одного взрослого самца спина была темной, очистившейся от старой шерсти, и у пяти особей пестрой от смеси старых и новых волос, у остальных (особенно у родивших самок и их детенышей) по всему телу — сплошь старый волосяной покров. Через месяц на той же высоте все наблюдавшиеся и добывавшиеся зверьки (около 70 шт.) полностью очистились от старой шерсти, которая сохранилась лишь на хвосте и на морде, да и то у немногих родивших самок и их детенышей. В середине июля линька окончилась.
На плато Укок (2200—2500 м над ур. м.) интенсивное выпадение волос начинается в конце июня, полностью шкура очищается от них в конце июля—начале августа, а в холодное сырое лето на 10—15 дней позднее.
Сроки линьки зависят также от обилия и быстроты стаивания снежного покрова. Например, в горах Окпекты, отгороженных от влажных ветров главным хребтом Тарбагатая, а потому малоснежных и быстро вытаивающих, линька происходит недели на две раньше, чем в тех же условиях на более влажном главном хребте.
Точно также в более многоснежном Сауре в начале июля 1966 г. на высоте 2000—2300 м из 25 наблюдавшихся сурков две трети (родившие самки и молодняк) были почти полностью в старой шерсти, и лишь взрослые самцы имели черную, очистившуюся от старых волос, спину и голову.
В отрогах Заилийского Алатау в сухом мелкосопочнике около с. Красногорка (на высоте около 1500 м) линька у сурков заканчивается уже в середине июня. А во влажном альпийском поясе (верховья р. Б. Алматинки) на высоте 2800—3000 м, по нашим наблюдениям в 1963 и 1967 гг., в первой декаде июля среди 35 встреченных (в т. ч. 15 добытых) зверьков даже взрослые самцы были пестрыми от смеси старых и новых волос, а родившие самки и их детеныши носили еще довольно густой старый мех, под которым подрастала новая шерсть.
Массовому окончанию линьки в общих чертах соответствуют и сроки открытия промысла на сурка. В Калбинском Алтае, в мелкосопочнике к востоку от Иртыша (Зыряновский район), в низкогорьях Маркакульского района, в остепненных долинах Бухтармы и Берели на высоте 800—1100 м, а также в среднегорье Тарбагатая на высоте 1500—1800 м он обычно начинается с 1 июля, а в предгорьях Тарбагатая на высоте 800—1000 м —с 20 июня. В альпийском поясе хребтов Южного Алтая (Нарымский, Курчумский, Сарымсакты, Южный Алтай, Сарытау), а также на плато Укок jia высоте 2200—2500 м и выше охоту начинают лишь 1—10 августа, а заканчивают 10—15 сентября.