Многолетнее травянистое растение, сероватое от длинных мягких волосков, с деревянистым корневищем. Стебли прямостоячие, четырёхгранные, высотой 60-120 см. Листья супротивные, округлые или яйцевидные, пальчато-пятираздельные, сверху ярко-зелёные, снизу светлые; стеблевые — с длинными (7-12 см) черешками; в соцветии листья продолговато-ромбические, двунадрезанные или двузубчатые, с короткими (1,5-2 см) черешками. Цветки с двугубыми розовыми или розово-фиолетовыми венчиками, собраны густыми мутовками в пазухах верхних листьев, образуя на конце стебля длинное прерывистое колосовидное соцветие. Прицветники шиловидные, оттопыренно волосистые. Чашечка коническая, почти голая, с пятью треугольно-шиловидными зубцами, из которых два нижних, более сросшихся между собой, отогнуты вниз. Венчик длиной до 12 мм, густо белоопушённый, с эллиптической верхней и трёхлопастной отклонённой нижней губой. Плодики усечённые, длиной 2,5-3 мм, остро трёхгранные. Цветёт с июня до сентября, плоды созревают в августе-октябре.Европейско-кавказский вид, заходящий восточным краем ареала в Западную Сибирь. В Средней России встречается во всех областях.
Как показывает родовое название, это — рудеральное растение, типичные его местообитания — пустыри, мусорные места, овраги, придорожные полосы, населённые пункты.
Пустырник издавна используется в медицине. Лекарственным сырьем являются верхушки цветущих растений. Из них получают лекарства седативного действия, т. е. действующие успокаивающе на центральную нервную систему, подобно препаратам валерианы. Кроме того, лекарства из пустырника улучшают работу сердца (замедляют ритм и увеличивают силу сердечных сокращений), понижают кровяное давление.
Отличный медонос.
В южных чернозёмных областях (а севернее как заносное) встречается Пустырник сизый — слабо опушённое растение с узкими долями глубоко пальчатораздельных листьев, которые в свою очередь надрезаны на линейные или линейно-ланцетные лопасти.
