Численность длиннохвостого суслика зависит от непосредственного воздействия на популяцию климатических факторов, деятельности хищников, различного рода эпизоотии и, кроме того, от интенсивности размножения — участия в нем самок и величины приплода.
В отличие от многих других его сородичей, численность этого суслика в республике относительно стабильна и невысока. Низкую численность вида в пределах Казахстана можно объяснить, прежде всего, нахождением его на периферии ареала и, кроме того, условиями существования в высокогорьях. В последнем случае суслик обладает низкой плодовитостью благодаря хорошим кормовым и защитным условиям, а также меньшей гибели от стихийных бедствий, естественных врагов и эпизоотии.
Изменения численности вида под влиянием стихийных бедствий, врагов и эпизоотии почти не изучены. По сообщению некоторых исследователей (Шнитников, 1936; Слудский, 1939 и др.) и опросным данным, в Джунгарском Алатау численность сусликовв 30—40годах была значительно выше, чем в настоящее время и ареал вида оыл несколько шире. Вследствие этого в ряде районов высокогорья проводились эпизоотологические обследования, давшие однако отрицательные результаты. Бактериологическое исследование 214 сусликов, добытых в верховьях Большого и Малого Басканов и собранных с них блох, не подтвердило наличия среди них чумной инфекции (Бибиков и др., 1961).
Интенсивность размножения этих сусликов зависит от сроков выхода их из нор после спячки и метеорологических условий в этот период. При раннем и дружном пробуждении гон у грызунов проходит активно, в нем участвует большее количество самок, меньше бывает резорбировавшихся эмбрионов. При длительных похолоданиях, снегопадах, дождях суслики вынуждены отсиживаться в норах, что оказывает свое влияние на ход размножения. Здесь необходимо лишь заметить, что результаты действия указанных факторов, видимо, менее значительны по сравнению с другими видами сусликов, поскольку длиннохвостый суслик имеет кормовые запасы. Этот грызун в меньшей степени голодает и истощается, находясь в норе в период похолодания и выпадения осадков. В случае возврата весенних холодов интенсивность размножения самок может снижаться при очень незначительном изменении величины приплода.
Длиннохвостому суслику, как специализированному виду, вероятно, менее свойственна способность расселяться и расширять свой ареал. В связи с этим интерес представляет изолированное положение популяции в Джунгарском Алатау, оторванной от основной части ареала вида.