В Казахстане врагами этого суслика являются: из птиц — беркут, степной орел, коршун, пустельга; из млекопитающих — медведь, волк, лисица, степной хорек, колонок (на Алтае), горностай, ласка, перевязка (Беляев, 1955; Бекенов, 1964).
Более подробно изучена деятельность хищников в Джунгарском Алатау А. Бекеновым (1966). Им получены следующие данные. Бурый медведь (Ursus arctos L.) в большом количестве истребляет сусликов, выкапывая их из нор чаще всего в период активной жизни зверьков. Из-за небольшой глубины нор медведю всякий раз удавалось докапываться до гнездовой камеры. В апреле — мае встречено пять, июне — июле — девять, августе — сентябре — 20 полностью разрытых этим хищником суслиных нор.
Из семи просмотренных экскрементов медведя в трех вместе с растительными остатками отмечалась шерсть длиннохвостого суслика. Горностай {Mustela erminea L.) — обитатель каменистых осыпей и живущий в тесном контакте с сусликами, загрызает этих зверьков в норе и изредка на поверхности земли. В капканы, поставленные у нор сусликов, в течение двух летних месяцев попало семь горностаев. В желудках двух горностаев встречены кости и шерсть хозяев норы.
Дважды наблюдались случаи нападения этого хищника на молодых сусликов. В экскрементах горностая, обитающего в субальпийском поясе, длиннохвостый суслик занимает 33,2% встреч. Степной хорек (Mustela eversmanni Less.) часто съедал попавшихся в капкан грызунов (в девяти случаях), а иногда утаскивал их вместе с капканом в пустоты между камнями или в нору серого сурка. Такой случай отмечен 20 мая и 19 июля 1963 г. в ур. Сурлы, в верховьях р. Малый Баскан (высота до 2600 м над ур. м.). Перевязка [Vormela peregusna Gueld.) добыта 30 марта 1964 г. на хр. Алтын-Эмель (1200 м над ур. м.). В ее желудке были шерсть и мясо этого суслика. В апреле 1964 г. перевязки съели трех сусликов, попавших в капканы. Лисица (Vulpes vulpes L.) — обычный хищник в высокогорьях, охотится на сусликов путем подкарауливания у нор. В трех случаях, 12 сентября 1963 г. и 7—12 апреля 1964 г., в урочищах Таукен-сай и Желдысай наблюдалась лисица, бегущая с пойманным сусликом в зубах. Этот грызун встречен в трех экскрементах лисицы из 12 осмотренных. Волк (Canis lupus L.) — один из обычных хищников высокогорья. Из пяти просмотренных экскрементов волка суслик встречался в двух:
В Джунгарском Алатау пернатые хищники за сусликами охотятся мало. В течение трехлетних полевых работ отмечено лишь два случая (23 июля и 3 августа) нападения на них коршуна. В его погодках (17 данных) остатки длиннохвостого суслика составляли 18,2%. На каменистых склонах гор и скал на молодых сусликов охотится пустельга. В 14,2% ее погадок встречены остатки сусликов. В желудке двух из четырех добытых птиц оказалась шерсть этих грызунов и узкочерепной полевки.
Необходимо заметить, что в связи с хорошими защитными условиями биотопов, суслики от хищников в высокогорьях, видимо, страдают мало.
Сожители в норах. Наиболее частыми посетителями нор длиннохвостого суслика на Южном Алтае являются бурундук и алтайская пищуха (Беляев, 1955); в Джунгарском Алатау — узкочерепная полевка, тяныпанская мышовка, серый хомячок, обыкновенный хомяк, тяныпанская лесная и обыкновенная полевки. Мелкие хищники (горностай, ласка, хорек) часто связаны с норами грызунов во время охоты. Особенно четко выявляется контакт между сусликами и сурками, при котором происходит обмен эктопаразитами.
Сожителями сусликов являются различные виды беспозвоночных (пауки, мухи, жуки), использующие их норы как убежища.
