Сведения о линьке этого сурка основаны на просмотре 32 его шкур с Киргизского и Таласского хребтов и 88 из других частей ареала. Этот сурок линяет один раз в году. Линька, включающая смену ороговевшего слоя эпидермиса и волосяного покрова, начинается недели три спустя после выхода зверьков из спячки и заканчивается недели за две до залегания в нее. В нижнем поясе обитания (1800— 2300 м над ур. м.) она длится около трех с половинойчетырех месяцев, а в верхнем поясе (2800—3300 м над ур. м.) недели на полторы-две проходит скорее. Судя по небольшому числу шкур, в нижнем поясе она начинается примерно в конце первой — начале третьей декады апреля, а заканчивается во второй половине июля — начале августа; в верхнем — примерно на четыре недели позднее, что соответствует срокам запаздывания цветения растений на этих высотах. В нижнем поясе северного склона Киргизского Алатау линька заканчивается к 20—25 июля (Кузнецов, 1948).
При линьке сперва слущивается роговой слой эпидермиса отдельными чешуйками в 2—5 мм диаметром, постепенно спадающими с волос. Отпадение их начинается с головы и продвигается к хвосту, последовательно охватывая бока и брюхо. Слущивание эпидермиса длится около трех недель, после чего начинается интенсивное выпадение волос, которые иногда отделяются целыми пучками одновременно с кусками ороговевшего слоя эпидермиса площадью до 4—6 см2 (Капитонов, 1964). Старый волосяной покров к этому времени постепенно делается тусклым, шероховатым, светло-рыжим или желтым, черные зоны волос буреют, а концы их в массе обламываются и расщепляются. Старые волосы выпадают задолго до отрастания новых, и сурок значительное время покрыт лишь низким новым волосяным покровом. Смена волосяного покрова начинается с задней части тела, иногда с середины спины, довольно быстро распространяется к голове и гораздо медленнее к хвосту и бедрам. Постепенно она охватываетбока, брюхо, передние лапы и заканчивается на горле. Очередность отрастания новых волос такая же, как выпадения старых.
Взрослые самцы, полувзрослые особи и яловые самки линяют одновременно, хотя последние вследствие большей интенсивности линьки заканчивают ее часто первыми. У самок, рожавших в этомгоду, смена рогового слоя эпидермиса начинается одновременно с таковой других особей, но на период лактации затормаживается и возобновляется одновременно со сменой волос, около месяца спустя, после того как их детеныши выйдут из нор и начнут поедать растения. Линька у таких самок идет наиболее интенсивно, поэтому ее очередность выражена хуже, чем у других особей, а заканчивается она лишь немного спустя, чем у самцов, хотя начинается почти на месяц позднее.
У длиннохвостого сурка, особенно у живущего в высокогорье, довольно часто наблюдается явление частичного нелиняния (Капитонов, 1963, 1964), при котором хвост, огузок, реже задняя часть спины частично или полностью линяют лишь через год. Например, из восьми шкур сурков из нижнего пояса обитания в Казахстане нелинявшие участки меха были на двух, а среди 28 шкур из высокогорий Памира — на 14. Размер их достигал 375 см2, т. е. около четверти площади всей шкуры. Нелинявшие участки различны по размерам и форме, но почти всегда хорошо выделяются сухим, шероховатым на ощупь, тусклым глинисто-желтым мехом, под которым на поверхности кожи обыкновенно скапливаются толстым рыхлым слоем слущивающиеся чешуйки эпидермиса. Частичное нелиняние наблюдается у самцов и самок, но среди последних чаще — у размножавшихся в данном году и гораздо реже у яловых.
Молодые зверьки, появляющиеся из нор в нижнем поясе обитания, в последней декаде мая — первой нюня, покрыты пухлявым ювенильным волосяным покровом. Через полторы-две недели после их выхода рост волос заканчивается. Высота подпуши на середине спины (по экземплярам из Аксу-Джабаглинского заповедника) составляет в это время 15—17, а остевых волос — 20—27 мм. Последние довольно малочисленны, тонки, изогнуты, поэтому и мех кажется тусклым, пухлявым и взъерошенным. Волосы, переплетаясь между собой, хорошо противостоят раздуванию ветром и, несомненно, уменьшают его охлаждающее действие.
С окончанием роста ювенильного меха мездра светлеет, но примерно через неделю на ней снова появляются черные от пигмента луковицы направляющих и остевых волос вторичного покрова и вскоре, почти одновременно на большом участке задней части спины, показывается подрост вторичного покрова. Отрастание его идет вначале без заметного поредения ювенильного. Ювенильные волосы выпадают постепенно, после того как вторичные отрастут примерно наполовину. Смена волос начинается на задней части спины, но соседние участки шкуры она охватывает настолько быстро, что иногда создается впечатление будто рост волос начался одновременно по всей спине. В целом очередность линьки у молодых сурков такая же, как у взрослых. Смена ювенильных волос длится около полутора месяцев и заканчивается одновременно с окончанием линьки самок, имевших в данном году детенышей.
У многих сурчат, особенно в высокогорье, хвост остается в юве-нильном волосяном покрове до следующего года: у одних весь, у других лишь в конечной трети. Иногда у особей из высокогорья и на огузке сохраняются участки ювенильного покрова почти без примеси вторичных волос. Они выделяются шероховатостью, отсутствием блеска, более светлой желто-глинистой окраской и почти полным отсутствием остевых волос. Неполная смена ювенильного покрова аналогична частичному нелинянию взрослых сурков и, вероятно, объясняется общими причинами.
Можно предполагать, что невылинивание является следствием своеобразной экономии энергии в организме, которая способствует быстрому и полному осуществлению более важного процесса — накопления жира, что особенно необходимо в условиях короткого лета и сурового климата высокогорья. Оно не вызывается низкой упитанностью зверька или какими-либо заболеваниями.
