Существенным фактором, ограничивающим численность желтого суслика, является деятельность пернатых и четвероногих хищников. В литературе (Наумов и Спангенберг, 1928; Орлов, 1929; Костин, 1956; Слудский, 1962 и наши данные) имеются указания на следующих основных врагов желтого суслика: степной хорек — Mustela eversmanni, перевязка — Vormela peregusna, лисица — Vulpes vulpes, корсак — V. corsac, волк — Canis lupus, пятнистая кошка — Felis lybica, еж ушастый — Erinaceus auritus, сарыч-курган-ник — Buteo rufinus, мохноногий канюк — Archibuteo lagopus, степной орел — Aquila rapax, орел-могильник — A. heliaca, орлан-долгохвост — Haliaetus leucoryphus, беркут — Aquila chrisaetus, коршун — Milvus korschun, болотный лунь — Circus aeruginosus, пустынный ворон — С. ruficollis, черноголовый хохотун — L. ichthyaetus, серебристая чайка — L. argentatus, щитомордник — Ancistrodon halys, удавчик — Eryx tataricus.
Основные истребители желтого суслика в Муюнкумах — сарыч-курганник и степной орел. Учет численности пернатых хищников, произведенный с автомашины в первой половине мая 1953 г. (в часы наибольшей активности грызунов), показывает, что они наиболее многочисленны в местах обилия желтого суслика и большой песчанки. При этом в Коскудукских саксаульниках численно преобладает са-рыч-курганник. Так, на участке железнодорожной линии (узкоколейки), протяженностью в 70 км, 25 мая в 7—10 ч утра встречено 28 сарычей и 15 орлов. На маршруте в 102 км найдено 40 гнезд, из которых сарычиных 35, орлиных — пять; обитаемых было соответственно восемь и два.
Результаты анализа 257 погадок хищных птиц, собранных преимущественно у гнезд, показывают, что на долю желтого суслика в питании сарычей приходится около 3—8% от всех видов кормов. Преобладающим видом является большая песчанка (43—100%).
В мае 1953 г. у пяти нор лисицы в Муюнкумах были найдены остатки трех желтых сусликов. В 209 экскрементах корсака, собранных в мае — июне 1954—1955 гг. в предгорьях Заилийского Алатау (Самсы), остатки этих сусликов отмечены в 40,2% случаев; в районе Карсакпая весной 1950 г. в 45 экскрементах — в 13,3% (Слудский, Лазарев, 1966).
В Бетпак-Дале желтый суслик обитает лишь в ее западных и южных районах, где к числу его врагов следует отнести сарыча-курган-ника, степного орла, а из млекопитающих — хорька, корсака и волка. Волк, наравне с крупной добычей (копытные), довольно часто вылавливает и грызунов — сусликов, песчанок и др. Например, в 859 экскрементах волка, собранных в пустыне Бетпак-Дала в мае — июне (за четыре года), были обнаружены, главным образом, остатки сусликов: среднего — 25,8 и желтого — 12,8%. Содержимое 36 экскрементов волка, собранных в Джезказганском районе весной 1954 г., имело остатки желтого суслика в 83,5% (Слудский, 1962).
В Приаральских Каракумах сусликов истребляют сарыч-курган-ник, беркут, коршун и буроголовый ворон. Эти грызуны составляют до 30% добычи, которой выкармливаются птенцы сарыча-курганника (Наумов и Спангенберг, 1929).
На о-ве Барсакельмес в период весеннего пролета птиц сусликов уничтожают луни, мохноногий канюк, черный коршун, пустельга, балобан и орлан-белохвост. Последний в условиях клеточного содержания за сутки съедал до пяти молодых сусликов весом по 600 г, мохноногий канюк — четырех, степной лунь — одного. Значение хищных птиц в истреблении сусликов не столь велико по сравнению с многочисленными гнездящимися на острове чайками, охотящимися исключительно на молодых. Интересен тот факт, что в районе гнездовий чаек (серебристой, сизой, обыкновенной и реже черноголового хохотуна) — в западной части острова, в сравнительно большом количестве отлавливаются взрослые зверьки, так как молодые там мало доживают до следующей весны. Необходимо заметить, что максимальная численность пернатых хищников наблюдалась весной 1942 г., когда отлавливалось до 64,5% самцов желтого суслика, вместо 59,5 в среднем за пять лет.