Баллоны надувных судов – это их борта. Они состоят из нескольких герметичных отсеков, поэтому достигается непотопляемость судна. Чтобы лодка не теряла форму при пробое какого-либо отсека, перегородка делается конусообразной либо сферической. Благодаря этому она расширяется в направлении отсека с наименьшим давлением. Более передовыми методами можно считать продольные перегородки. Они не искажают форму баллона в поперечном направлении, но требуют больше усилий при изготовлении, что сказывается на стоимости лодки.
Кормовые оконечности баллона, высокие над транцем надувной мотолодки, выполняют несколько функций: создают дополнительную подъемную силу при достижении глиссирования, поднимают корму при движении с попутной волной, дополнительно защищают двигатель. Воздушные клапаны надувной лодки должны быть способны на сброс воздуха в случае интенсивного нагрева на солнце. Поэтому они должны быть доступны из кабины.