Гон у среднего суслика начинается вскоре после выхода из нор половозрелых самок, пробуждающихся на несколько дней позже взрослых самцов. Перед этим семенники у самцов имеют размеры 16X10 мм и вес 2,4 г, содержат сперму.
Период размножения сильно растянут, что объясняется относительно поздним пробуждением зверьков рождения прошлого года, которые также участвуют в размножении. На ход размножения влияют в основном сроки выхода из спячки и погодные условия в этот период, что крайне колеблется в различные годы, а также в разных районах обитания.