В природных условиях питание тонкопалого суслика изучалось нами методом осмотра поедей или свежих копанок в период отыскивания и добывания им корма.
Непосредственными наблюдениями в местах обитания зверьков установлено, что в условиях Южного Прибалхашья этот суслик выкапывает и поедает корни следующих растений: песчаной осоки (Сагех physodes), заразихи (Orobanche lutea), мятлика (Роа bulbosa), белого саксаула (Haloxylon persicum), эфедры (Ephedra lomatolepis).
Суслик наиболее часто выкапывает сочные корешки песчаной осоки. У побегов этого растения он обрывает сухие наружные листья и поедает сочную центральную часть.