В бывш. Целинном крае у байбака обнаружены риккетсни Бернета (Карулин, 1961 б). Есть предположение, что несколько столетий тому назад, когда байбак был широко распространен в степях Европы, здесь существовали природные очаги чумы (Громов и др., 1965). В Северном и Центральном Казахстане заболевания сурков чумой не обнаружены.
Весной 1959 г. на юге Целиноградской области на озерах наблюдалась массовая гибель водяных крыс (вероятно, от туляремии). В этот же период у оз. Шоиндыкуль найдено два нераненых, хорошо упитанных, недавно погибших байбака. Возможно, причина гибели та же, что и крыс, так как больше никогда мы таких трупов сурков не встречали.