Местообитания этого вредного грызуна приурочены в основном к поймам рек, берегам озер, прудов, мелиоративных канав, оросительных каналов. К осени водяная полевка может расселяться далеко от своих типичных стаций и появляться на огородах, в садах, лесопитомниках, приближаться к жилью человека.
Обычные жилища водяной полевки — норы, довольно разветвленные, с земляными выбросами на поверхность. В низких заболоченных местах она устраивает в зарослях водно-болотных растений гнезда, имеющие шарообразную форму, делает гнезда внутри высоких кочек, в полостях пней. Водяная полевка — преимущественно растительноядный зверек, хотя, как и ондатра, может поедать пресноводных моллюсков и рыбу, в основном мелкую и снулую. В ее рацион входит так же некоторое количество насекомых.
Когда на лугах и по берегам водоемов много зеленой растительности, грызун питается прикорневыми частями осок, рогозов, тростника, стеблями и листьями других водно-болотных растений. В это время крыса прокладывает массу торных тропок в густых зарослях. С отмиранием наземных вегетативных частей растений она переходит на поедание их корней и клубней.