Этот суслик селится в норах, устроенных довольно примитивно. Только в период выкармливания детенышей в одной норе живет самка с потомством, а в остальное время каждый зверек имеет свою отдельную нору, которая служит защитой от неблагоприятных метеорологических условий и нападения хищников. Большинство нор приурочено к открытым участкам, а некоторые убежища располагаются под кустами и камнями, поэтому снаружи совершенно не заметны. На открытых щебнистых склонах выбросы земли у нор небольшие. Лишь в отдельных случаях они достигают значительного диаметра (2—3 м), но высота их не превышает 25—30 см.
Средний суслик сравнительно редко роет норы с вертикальным ходом, что, видимо, объясняется большей приуроченностью его к щебнистому грунту. В последнем случае норы оказываются также относительно не глубокими.