Средний суслик — типичный обитатель полупустынь, пустынь и горных степей. Предпочитая щебнистые участки, он селится также на глинистых и песчаных почвах, встречается в долинах рек, на посевах сельскохозяйственных культур.
В центральной части Бетпак-Далы этот суслик заселяет щебнистые склоны возвышенностей или открытые низменные участки с глинистой почвой, покрытой полынно-боялычевой растительностью. Он не избегает также межсопочных понижений и оазисов, где почва сравнительно влажная и мягкая, а растительность представлена большим количеством видов, в т. ч. и кустарниками — джингилом, саксаулом, караганой и таволгой. Охотно селится среди выходов камней.