Эпизоотологическое и эпидемиологическое значения. Каких-либо болезней (в т. ч. чумы грызунов) у сурка Мензбира не отмечено. У одного из семи сурков с Чаткальского хребта реакция на токсоплазмоз была положительна, но выделить возбудителя от зараженных лабораторных животных не удалось (Петров, 1961). В целом в эпизоотологическом отношении сурок Мензбира благополучен.
Паразиты. У сурка Мензбира в верховьях рек Бадам и Улар нами обнаружены следующие паразиты: блохи— Ceratophyllus menzbieri, С. caspius и Oropsylla silantiewi; иксодовые клещи — Ixodes crenulatus, I. redicorzevi, Dermacentor pavlovskyi, D. marginatus, Haemophysalis warburtoni, H. numidiana taurica; вши — Neohaemato-pinus palaearcticus; гельминты — Ascaris tarbagan. Ascarops kutassi, Citellina alatau, Paranoplocephala transversaria. Moniliformis moniliformis; кокцидии —Eimeria sp., E. monacis, E. os, E. menzbieri, Iso-spora sp.. В целом по встречаемости и обилию меньше всего паразитов у сурка в верхнем поясе обитания и больше — в нижнем.