Эпизоотологическоеи эпидемиологическое значения. В пределах казахстанской части ареала средний суслик выступает как носитель ряда заболеваний — туляремии, лептоспироза, бруцеллеза и токсоплазмоза (Галузо и Ременцова, 1959).
Выделение возбудителя туляремии из организма сусликов свидетельствует о наличии в Казахстане степных и поименно-пустынных очагов туляремии, в которых указанный грызун и пустынные клещи Rhipicephalus ритШо и Rh. schulzei являются основными носителями и переносчиками инфекций.
Этот суслик оказался хранителем лептоспир на юге Казахстана.