В северной (казахстанской) части ареала сурок Мензбира обитает лишь в субальпийском и альпийском поясах на высоте 2100—3300 м над ур. м. Он является как бы наиболее «высокогорным» среди среднеазиатских сурков, но в целом населяет очень разнообразные биотопы, от разреженных кустов стелющейся арчи и зарослей высоких зонтичных растений в нижнем поясе обитания до почти безжизненных глыбовых осыпей ледниковых цирков.
Наиболее благоприятны для обитания сурка участки гор со сглаженным рельефом и в то же время с хорошо выраженным мезорельефом. Здесь в большинстве мест имеется мощный слой мелкозема достаточной толщины для устройства зимовочных убежищ, более пестрое распределение снежного покрова и растительности и, следовательно, наиболее продолжительная ее вегетация — основа хорошего питания сурков.