Численность длиннохвостого суслика зависит от непосредственного воздействия на популяцию климатических факторов, деятельности хищников, различного рода эпизоотии и, кроме того, от интенсивности размножения — участия в нем самок и величины приплода.
В отличие от многих других его сородичей, численность этого суслика в республике относительно стабильна и невысока. Низкую численность вида в пределах Казахстана можно объяснить, прежде всего, нахождением его на периферии ареала и, кроме того, условиями существования в высокогорьях. В последнем случае суслик обладает низкой плодовитостью благодаря хорошим кормовым и защитным условиям, а также меньшей гибели от стихийных бедствий, естественных врагов и эпизоотии.